《万灵幻想》故事发生在名为“艾丽娅”的巨大世界树上，玩家将扮演着艾丽娅女神从异世界召唤而来并拥有净化邪祟能力的“指挥官”，成为这个世界的救世主，邂逅并率领各具特色守护者们展开探索世界、拯救世界、消灭邪恶根源的冒险旅程。